Quyền tổng giám đốc của Cơ quan hiện là Thiery Dujardin. Một ban thư ký phục vụ 7 Uỷ ban kỹ thuật chuyên môn thường trực dưới sự lãnh đạo của Ban chỉ đạo Năng lượng hạt nhân – bộ phận chủ quản của Cơ quan - nơi báo cáo trực tiếp cho Hội đồng OECD.

Các Ủy ban kỹ thuật thường trực, đại diện cho mỗi ngành trong 7 lĩnh vực chính của chương trình của Cơ quan, bao gồm các chuyên gia của các nước thành viên vừa là người đóng góp cho chương trình làm việc và cũng hưởng lợi từ kết quả của nó.